Tussen 1823 en 1829 gaf Philipp Franz von Siebold les in Japan over westerse geneeskunde. Dat was nogal bijzonder in een wereld waarin verre bestemmingen absoluut niet binnen handbereik lagen. Dankzij Siebold kregen Nederland en Europa meer kennis over de Japanse cultuur.
In zijn periode in Japan verzamelde Siebold gebruiksvoorwerpen, beschreef hij uitgebreid de plaatselijke flora en fauna en haalde hij Japanse planten, zoals de bekende hortensia, voor het eerst naar Nederland.
Siebold studeerde geneeskunde in zijn geboortestad Würzburg in Duitsland en behaalde in 1820 zijn artsexamen. In 1823 werd hij als militair scheepsarts gelegerd aan de enige westerse handelspost in Japan, die lag op het kunstmatige eilandje Decima, voor de kust bij Nagasaki.
Normaal gesproken mochten westerlingen dat eilandje niet verlaten, maar door Siebolds expertise op het gebied van medicijnen hadden Japanse wetenschappers bijzondere interesse in zijn vakkennis. Zij nodigden hem uit om lessen te geven over de westerse kennis van de geneeskunde. Tijdens die lessen leerde Siebold veel over de Japanse cultuur.
Nadat hij een hoge Japanse functionaris van een ernstige ziekte wist te genezen, mocht Siebold bij hoge uitzondering ook de rest van Japan bezoeken. De toenmalige hoogste Japanse machthebber (de Shogun) vroeg hem zelfs om een medische school te beginnen. Siebold deed dat. Op die school kwamen Japanse artsen in aanraking met dan nog alleen in het westen toegepaste medische technieken zoals vaccinatie en met de uitgebreide westerse kennis van de bloedsomloop en de anatomie.
Bij al die activiteiten bouwde Siebold een enorme collectie op van planten, dieren, kunst- en gebruiksvoorwerpen. Hij kreeg een relatie met een Japanse vrouw waaruit een dochter geboren werd. Een huwelijk was door de Japanse wetgeving echter uitgesloten. Zijn dochter werd later de eerste vrouwelijke arts van Japan.
In 1829 keerde Siebold terug naar Nederland. Zijn geliefde en dochter moesten achterblijven in Japan. Hij mocht alleen zijn hond Sakura meenemen. Maar tussen 1859 en 1863 bezocht hij hen alsnog meerdere malen. Zijn hele collectie verhuisde met hem mee naar Leiden, waar hij ging wonen. Het grootste deel van zijn botanische verzameling kwam terecht in de Leidse Hortus botanicus. Veel van zijn etnografische collectie ging naar het Rijksmuseum voor Volkenkunde in Leiden.
Koning Willem II ondersteunde het werk van Siebold financieel, maakte hem tot zijn adviseur in Japanse zaken en verhief hem in 1842 zelfs in de adelstand. Toch raakte Siebold teleurgesteld in de Hollandse ‘koopmanshouding’. Zelf vond hij een culturele benadering van de relatie met Japan veel interessanter en belangrijker. Daarom verliet Siebold Nederland uiteindelijk en ging hij terug naar zijn geboorteland Duitsland. In 1866 overleed hij in München.
In Leiden leeft Siebolds naam nog altijd voort. In 2005 werd in zijn voormalige huis aan het Rapenburg het Japanmuseum SieboldHuis geopend door Koningin Beatrix en de Japanse Keizer. In het SieboldHuis is uitgebreid aandacht voor zijn belangrijkste interessegebied: de Japanse cultuur.
